A história do anime se passa em um "Japão feudal futurístico e pós-apocalíptico", onde, aquele que conseguir a bandana simbólica de "Número Um", irá comandar o mundo, como um "deus". Alguem se torna o Número Um matando o antigo Número Um e tomando sua bandana. Entretanto, somente aquele que tiver a bandana de "Número Dois" tem direito de desafiar o Número Um. Por sua vez somente o número três pode desafiar o número dois, e assim por diante até o número sete, onde todos podem desafia-lo.

Mas isso muda quando o número um tem todas as outras bandanas, exceto a de número dois, então todos podem desafiar o número dois e somente o número dois pode desafiar o número um. Quando alguém completar as sete bandanas, ninguém poderia desafia-lo, mas nada impede de que alguém mais forte o mate e roube as bandanas.
Quando criança, Afro teve seu pai (que era o Número Um) assassinado bem em sua frente por um pistoleiro, "Justice" (antigo Número Dois) e passou a ser o Número Um. Agora Adulto, Afro Samurai, é o atual Número Dois, e viaja pelo mundo em busca de vingança, pelo actual Número Um que matou seu pai.